Keçi sütü inek sütü ile kıyaslandığında içerik ve yapısal özellikleri yönünden birçok farklılık taşır.
Keçi sütü bebek beslenmesi için gerekli olan yüksek kalitede protein, esansiyel yağ asitleri, vitaminler ve mineralleri doğal olarak içerir. Keçi sütü MUFA, PUFA ve MCFA’ları inek sütünden daha yüksek seviyelerde içerir. Bununla beraber, tarım sistemleri veya suni yem katkıları kullanmak yerine Yeni Zelanda’daki gibi sadece çayırlarda serbest olarak beslenen keçilerin sütündeki yağda mevcut bulunan ve antioksidan ve antikanser özellikleri ile bilinen CLA (Konjuge Linoleik Asit) seviyesi çok daha yüksek seviyelerdedir.
Salgılama süreci insanlardakine daha yakındır ve bu sayede başta nükleotidler olmak üzere bebeklerin sağlıklı olmasında ve özellikle bağışıklık sistemlerinin gelişmesinde önemli yer tutan poliaminleri ve taurin gibi serbest amino asitleri insan sütündeki gibi doğal olarak ve yüksek seviyelerde içerir.
Daha düşük alfa-s1-kazein seviyesi ve daha yüksek beta kazein oranı ile keçi sütü kazein profili insan sütündekine daha yakın özellikler taşır.
Keçi sütü bağırsaklarda tedavi veya diğer stresler sebebi ile oluşabilecek hasar ve sızıntıları azaltır ve bu özelliği ile de aynı zamanda hem sağlıklı bir gastro-intestinal sistemin idamesinde hem de besinsel alerjenlerin kana geçişini engellemede yardımcı rol oynar.
Keçi sütünün daha geniş kazein miselleri, proteinlerin sindirimine yardımcı olan daha yumuşak pıhtıların oluşmasına katkıda bulunur. Daha kolay ve rahat sindirim bebeklerin daha rahat ve sakin olmasına yardımcı olur.
Düşük alfa-s1-kazein seviyesi, alerjen proteinlerin arttırılmış sindirilebilirliği ve sağlıklı bir bağırsak yapısının korunması gibi özellikleri ile keçi sütü inek sütünden daha düşük bir alerjik yüke sahiptir.